De anaërobe organismen zijn totaal tegengesteld aan aërobe organismen, ze gebruiken de diatomische zuurstof niet voor groei, metabolisme en differentiatie, deze werken met verschillende verbindingen en geven een subclassificatie als die micro-organismen werken met een chemische verbinding genaamd pyruvaat, zegt zijn Metabolisme is fermentatief (ze gebruiken fermentatie), aan de andere kant is het een andere stof dan pyruvaat als er staat dat het een organisme is dat anaërobe ademhaling beoefent.
Fermentatie bestaat uit het verkrijgen van chemische energie uit een katabool proces en onvolledige of onvolledige oxidatie van een organische verbinding, afhankelijk van het eindproduct kan het worden ingedeeld in alcoholische fermentatie omdat het ethanol genereert, melkzuurfermentatie produceert melkzuur, boterzuurgisting, onder andere; anaërobe ademhaling, van zijn kant, bestaat uit een transportketen voor elektronen die gewoonlijk vergelijkbaar is met die van aërobe ademhaling, maar in plaats van dat de uiteindelijke acceptor zuurstof is, zou het in dit geval elke verbinding van anorganische aard zijn.
Net zoals er aërobe bacteriën bestaan, bestaan er ook anaërobe bacteriën die zonder zuurstof kunnen leven, sommige worden in het menselijk lichaam aangetroffen op plaatsen waar geen zuurstof aanwezig is, zoals in de dikke darm waar ze functioneren als rottende bacteriën. Fecale materie kan, op basis van zijn weerstand tegen zuurstof, worden geclassificeerd als: obligaat anaërobe bacteriën, deze kunnen niet groeien in gebieden waar zuurstof aanwezig is omdat het schadelijk is en vernietiging kan veroorzaken, aerotolerante bacteriën zullen nooit zuurstof gebruiken voor hun metabolische processen maar kan leven in zuurstofrijke omgevingen, facultatieve anaërobenze kunnen zuurstof gebruiken als de laatste elektronenacceptor, maar als ze zich in omgevingen bevinden waar geen zuurstof is, gebruiken ze de fermentatieroute.
