Catacomben ontstonden in verwijzing naar de Catacomben van Rome, een naam die oorspronkelijk werd gegeven aan een oude begraafplaats niet ver van de Via Appia. De begraafplaats van de onschuldigen (nabij Saint-Eustache, in de buurt van Les Halles) was al bijna tien eeuwen in gebruik en was een bron van infectie geworden voor de lokale bevolking. Na tal van klachten besloot de Raad van State op 9 november 1785 het verder gebruik van de begraafplaats van de onschuldigen te verbieden en de inhoud ervan te schrappen.
De verlaten steengroeven werden uitgekozen om de overblijfselen te ontvangen; de stad Parijs had zojuist een algemene inspectie van de steengroeven afgerond om de door hen ondermijnde openbare wegen te versterken. De bouwwerkzaamheden werden uitgevoerd in de "Tombe-Issoire" -groeve, waarbij grote hoeveelheden steen werden gebruikt, de galerijen werden versterkt en voltooid door een trap uit te graven, geflankeerd door een schacht waarin de botten konden worden geworpen.
De overdracht van de overblijfselen kon beginnen na de zegening en toewijding van de site op 7 april 1786, en duurde tot 1788, altijd in de schemering en na een ceremonie waarin een processie van priesters in korset de dienst van de doden zong. langs de route door de wagens beladen met beenderen, die waren bedekt met een zwarte sluier. Daarna, tot 1814, ontving de site de overblijfselen van alle begraafplaatsen in Parijs.
Er waren nog andere redenen die leidden tot de keuze voor ondergrondse opgravingen. In de Christenen, het gevoel van gemeenschap werd geleefd met grote kracht: ze wilden ook om samen te zijn in de “ dromen van de dood ”.
Volgens de Romeinse wet was het begraven van de overledene binnen de stadsmuren verboden, alle catacomben bevonden zich langs de grote consulaire wegen en in het algemeen in de buitenwijken van die tijd.
De catacomben van Parijs heropend op June 14, 2005 na enkele maanden van sluiting voor de bouw. De verlichting is aangepast, de gewelven zijn verstevigd en de botwanden zijn verplaatst.
