Defragmentatie is een proces waarbij de fracties van een bestand worden georganiseerd, die verspreid zijn over de harde schijf van een elektronisch apparaat. Dit wordt gedaan om de toegang ertoe veel sneller en gemakkelijker te maken, en om ervoor te zorgen dat er in bepaalde delen geen "hiaten" aan informatie zijn. Dit niet-aaneengesloten opslagprobleem wordt "fragmentatie" genoemd en treedt op omdat bestanden niet in aaneengesloten gebieden worden achtergelaten als gevolg van het constant toevoegen en verwijderen van bestanden van een harde schijf. Opgemerkt moet worden dat elk besturingssysteem een andere defragmentatiemethode heeft; Bovendien kunt u een of meer strategieën tegelijkertijd gebruiken.
Fragmentatieproblemen kunnen ernstig of mild zijn, afhankelijk van het besturingssysteem waarmee u werkt, vanwege de manier waarop bestanden zijn georganiseerd. Windows is het systeem waarin het veel vaker wordt gepresenteerd; Linux kan ook enkele nadelen hebben, maar op kleinere schaal. Dit gebeurt in het bijzonder omdat het systeem delen van bestanden in lege ruimtes plaatst waar een bestand zich bevond; Hierdoor raakt een bestand in de loop van de tijd gefragmenteerd, totdat het volledig op de harde schijf is verspreid. Met defragmentatie wordt de levensduur van een harde schijf verlengd en neemt de capaciteit af bij het uitvoeren van snelle toegangsbewerkingen.
Er zijn twee soorten fragmentatie, de interne, waarbij schijfruimte verloren gaat door het bestaan van bestanden die groter zijn dan de clustergrootte, en de externe, veroorzaakt door de standaardinstellingen van de blokken van een bestandssysteem.