De hippocampus bevindt zich in de mediale temporale kwab van de hersenen, onder het corticale oppervlak. De structuur is verdeeld in twee helften die zich aan de linker- en rechterkant van de hersenen bevinden. Het orgel is gebogen in een vorm die lijkt op een zeepaardje, en de naam is afgeleid van een combinatie van de Griekse woorden "nijlpaard" voor het paard en "kampos" voor de zee.
De hippocampus werd voor het eerst genoemd door de Venetiaanse anatoom Julio César Aranzi in 1587. Hij beschreef het als een richel langs de vloer van de slaaphoorn van het laterale ventrikel en vergeleek het eerst met een zijderups en later met een zeepaardje. In de jaren 1740 bedacht een Parijse chirurg René-Jacques Croissant de Garengeot de term "cornu Ammonis", wat de hoorn van Amon betekent, een oude Egyptische god.
De hippocampus is verantwoordelijk voor de vorming van langetermijngeheugen en ruimtelijke navigatie. Bij ziekten zoals de ziekte van Alzheimer is de hippocampus een van de eerste gebieden van de hersenen die beschadigd raken, wat leidt tot geheugenverlies en desoriëntatie die met de aandoening gepaard gaan.
De hippocampus kan beschadigd raken door zuurstofgebrek of hypoxie, infectie of ontsteking, of als gevolg van epilepsie in de temporale kwab. Personen met schade aan de hippocampus ontwikkelen geheugenverlies en kunnen bijvoorbeeld geen nieuwe herinneringen aan de tijd of locatie van een gebeurtenis vormen.
Bij de ziekte van Alzheimer (en andere vormen van dementie) is de hippocampus een van de eerste hersengebieden die schade oploopt; Verlies van geheugen op korte termijn en desoriëntatie behoren tot de eerste symptomen. Schade aan de hippocampus kan ook te wijten zijn aan zuurstofgebrek (hypoxie), encefalitis of mediale temporale kwabepilepsie. Mensen met uitgebreide bilaterale hippocampusbeschadiging kunnen anterograde amnesie ervaren (het onvermogen om nieuwe herinneringen te vormen en vast te houden).
Omdat de verschillende soorten neuronale cellen netjes gelaagd zijn in de hippocampus, is het vaak gebruikt als modelsysteem voor de studie van neurofysiologie. De vorm van neurale plasticiteit die bekend staat als langdurige potentiatie (LTP) werd voor het eerst ontdekt in de hippocampus en is vaak bestudeerd in deze structuur. Algemeen wordt aangenomen dat LTP een van de belangrijkste neurale mechanismen is waarmee herinneringen in de hersenen worden opgeslagen.